L'Acropoli, denominata il Castello, costituisce ancora oggi il punto focale del centro storico. Entro il perimetro delle mura posero le loro sedi le popolazioni del neolitico, quelle della prima età dei metalli, dell'età del bronzo e dell'età ellenistica, come dimostrano i ritrovamenti archeologici. Dal lato sud della Piazza Mazzini si accede alla cittadella, passando dalla porta più antica e attraversando una torre normanna. Superato il secondo passaggio, sostenuto da arcate ogivali, si trovano in ordine progressivo: la chiesa di S. Caterina, chiusa al culto; l'abside della chiesa cinquecentesca dell'Addolorata, con ricchi altari lignei, stucchi dorati in stile barocco ed una tela del '600 raffigurante la crocifissione; infine la chiesa dell'Immacolata. Più avanti, sulla sinistra, si trova la cattedrale dedicata a S. Bartolo, patrono delle Eolie, fatta costruire dal normanno Ruggero I. Dello stile normanno la chiesa conserva solo le volte a crociera ogivale; gli interni, come la facciata, sono stati successivamente rifatti.
All' interno sono conservate la statua argentea di S. Bartolomeo ed una tavola del seicento raffigurante la Madonna del Rosario. Ancora più in fondo appare la chiesa della Madonna delle Grazie, chiusa al culto, che raccoglie pregiati affreschi di Alessio Cotrone (1708); il palazzo vescovile, del 1753, che è posto sul lato destro della cattedrale, è adibito a padiglione del museo. Le zone più interessanti del castello sono quella del museo e quella del parco archeologico. Degno di attenzione è il museo, il quale conserva ritrovamenti archeologici dall'epoca neolitica a quella del bronzo, fino al periodo greco e romano.
Negli ultimi anni esso è stato ampliato con una sezione dedicata all'archeologia sottomarina ed una sezione vulcanologica. Nel parco archeologico, invece, sono stati ricostruiti numerosi sarcofagi, che risalgono al IV-II sec. a.C., e le tombe greco-romane, rinvenute nella necropoli di Contrada Diana. In questa contrada la necropoli si sovrappone ad un vasto insediamento preistorico, fiorito dalla fine del neolitico medio alla prima età del bronzo, ma nel quale la massima intensità di vita si è avuta nel neolitico superiore, in quella fase culturale che, in tutta Italia, è oggi designata con il nome di "Cultura di Diana".
Edificio 1 Sezione Preistorica: preistoria di Lipari, topografia di Lipari nei periodi greco e romano
Edificio 2 Sezione Epigrafica: cippi e steli funerarie iscritte, dalla necropoli greca e romana di Lipari
Edificio 3 Sezione delle Isole Minori: insediamenti preistorici nelle altre isole dell'Arcipelago Eoliano
Edificio 4 Sezione di Archeologia Classica: la necropoli greca e romana di Liparie. Lipari in età Romana, Bizantina, Medioevale e in epoche successive; archeologia di Milazzo; ricostruzione della trincea di scavo della necropoli dell'Ausonio II (età del bronzo) a Lipari.
Sale di Archeologia Sottomarina
Edificio 5 Sezione Vulcanologica: geomorfologia del territorio eoliano per la migliore comprensione delle vicende degli stanziamenti umani succedutisi nei secoli.
Edificio 6 Sala della paleontologia del Quaternario
A Fortificazioni di epoca spagnola
B Cattedrale di S. Bartolomeo e resti del Monastero e chiostro Normanno
C Chiesa della Madonna SS delle Grazie (XVIII sec.)
D Parco archeologico
E Chiesa di Maria SS Immacolata (XVIII sec.)
F Chiesa di Maria SS Addolorata (XVII-XVIII sec.)
G Chiesa di Santa Caterina (XVI-XVIII sec.)
